לרוב נהרות פרו שייכות לאגן הנהר הגדול בעולם - האמזונס.
נהר ג'אווארי
זהארי הוא אחד הנהרות הממוקמים בחלק המרכזי של דרום אמריקה. מבחינה גיאוגרפית שפת הנהר שייכת לשתי מדינות - פרו וברזיל. אורכו הכולל של הערוץ הוא 1,056 קילומטרים. הג'אווארי עובר בחלק הצפון מערבי של ברזיל והוא יובל ימינה של האמזונס.
מקור הנהר במורדות הרי האנדים הפרואנים (לה מונטניה). ואז הוא יורד מההרים ובמשך הזרם הוא הגבול הטבעי בין ברזיל לפרו.
הנהר ניווט במרחק של 500 קילומטרים למעלה מהפה. במהלך עונת הגשמים, שנמשכת מינואר עד מאי, אורך הקטע הניווט גדל.
נהר גירואה
Girouis הוא אחד מיובליו הימניים הרבים של האמזונס. אורכו הכולל של הנהר הוא 3280 קילומטרים. המקור הוא העיירה לה מונטיה (פרו), השוכנת למרגלות הרי האנדים הפרואנים.
הנהר ניווט לאורך 1,823 קילומטרים ממפגשו (לשטח עיריית קרוזיירו דו סול). אגן הנהר מיושב, אך בעיקר במסלול האמצעי של הנהר.
נהר קוראראי
קוראראי הוא אחד הנהרות הדרום אמריקאים הממוקמים בשטח של שתי מדינות - אקוודור ופרו. זהו היובל הנכון של נהר נאפו. מקור הנהר הוא למרגלותיו המזרחיים של הרי האנדים.
אורכו הכולל של הערוץ הוא 800 קילומטרים. והוא עובר בשטח של פסטות (מחוז אקוודור) ולורטו (אזור פרו). אורכו של פרו הוא 414 קילומטרים. קוראראי עמוק לאורך כל השנה, אך ניווט רק באזורים התחתונים. ערוץ הנהר עובר באזורים דלילי אוכלוסייה. עמים הודים בעיקר - ווראני וקוצ'ואה - חיים על גדות הנהר.
נהר מדרה דה דיוס
Madre de Dios עובר בשטח של שתי מדינות - פרו ובוליביה - ושייך לאגן האמזונס. אורכו הכולל של אפיק הנהר הוא 640 קילומטרים.
מקור הנהר באנדים הפרואנים.
Madre de Dios הוא אחד מנתיבי המים החשובים ביותר באמזונס העליון. על גדות הנהר יש עיר נמל גדולה - פוארטו מלדונאדו. אחריו, הנהר ניווט.
עמק הנהר משמש באופן פעיל לגידול מנגו. בנוסף, מכרות כאן זהב, כמו גם כריתה בקנה מידה תעשייתי. על גדות הנהר ישנם מספר אזורי טבע מוגנים.
נהר מנטארו
ערוץ הנהר נמצא כולו בפרו ואורכו 724 קילומטרים. המנטארו הוא ענף של נהר אפורימקה. עובר גיאוגרפית בארצות המחוזות הבאים: ג'ונין; יולי; האוקה; קונספסיה; הואנקאיו.
