רוב נהרות הונדורס הרריים. ורשימת הנהרות הגדולים ביותר ברפובליקה כולה נפתחת - פטוקה, אולואה ואגואן.
נהר אגואן
הנהר עובר בשטחי צפון הונדורס, החל במחלקת יורו. אחר כך הוא יוצא למסע, בוחר כיוון מזרחי, חוצה את אדמות מחלקת הקולון. והמסע מסתיים בזרימה למי הים הקריבי (ליד סנטה רוזה דה אגואן). אורכו הכולל של הזרם מגיע לכמעט ארבע מאות קילומטרים. לאגואנה מספר יובלים.
עמק הנהר משמש באופן פעיל בחקלאות. בעמק בחלקו העליון / האמצעי של הנחל יש שדות ירקות, כמו גם מטעי תירס ושעועית. עמק הטבחים התחתונים מוסר לאורז ופירות הדר. כאן גדלים גם דקל שמן ושקמה.
נהר ריו-סומפול
ריו סומפול עושה את דרכה בין אדמותיהן של שתי מדינות בבת אחת - אל סלבדור (חלקה הצפון מערבי) והונדורס (שטחים דרום מערביים). הנהר קצר מאוד - שבעים ושבעה קילומטרים בלבד - ולכל אורכו הוא משמש גבול המפריד בין שטחי מדינות אלה.
מקור ריו סימפול נמצא באל סלבדור. שם חוצה הנהר כמה עיריות (כולן ממוקמות במחלקה אחת - Chalatenango). הוא זורם למימי ריו למפה.
נהר ריו טורולה
ריו טורולה עוברת במרכז אמריקה, זורמת באדמות אל סלבדור (צפון מזרח) והונדורס (החלק הדרומי של הרפובליקה). משך הזמן הכולל של ריו טורולה הוא קצת יותר ממאה קילומטרים. הנהר מקורו בשטח סלבדור במקום בו מתמזג נהר Lahitas עם נחל Mansukupagua. הפה של ריו טורולה הוא מי ריו למפה.
נהר אולואה
ערוץ הנהר חוצה את שטחה של הונדורס בחלקו הצפוני, החל באדמות מחלקת אינטיבוקה (לא רחוק מלה פז, מורדות הרי קורדילרה דה מנטסילוס). אורכו הכולל של הזרם הוא 358 קילומטרים עם שטח תחבורה כולל של כמעט עשרים ושלושה אלף ריבועים.
הנהר נוצר על ידי מפגש הנהרות סאסגואה ופורינגלה. במעלה הזרם הוא ידוע בשם ריו גרנדה דה אוטורו. בתחילה הנהר ממהר צפונה, חוצה את סנטה ברברה במעבר, אך לאחר מכן פונה אולואה בחדות מערבה, ועוקף שלוש מחלקות - יורו, קורטס ואטלנטיס - משלים את השביל במימי מפרץ הונדורס.
נהר גוסקוראן
גוסקוראן פורצת דרך דרך אדמות הונדורס ואל סלבדור, וחוצה מדינות בחלק הדרומי. אורכו של הזרם הוא כמאה ושלושים קילומטרים עם שטח של שני אלפים שש מאות וששים ושלושה קילומטרים רבועים.
שמונה עשר הקילומטרים האחרונים של הזרם הוא הגבול הטבעי בין שתי המדינות. מי גוסקורן מהווים מקור למי שתייה לתושבי המדינה החיים על חופיו.
