וולוגדה ממוקמת על הגדה הימנית של הנהר בעל אותו שם, שהוא נתיב מים עתיק שחיבר את העיר הזו דרך אגני נהרות סוקהונה ושקסנה עם ארכנגלסק.
לראשונה במקורות היסטוריים העיר הוזכרה במאה ה- XII. במאה ה -15 שלטה בוולוגדה וליקי נובגורוד. משנת 1462 במשך עשרים שנה וולוגדה הייתה מרכז נסיכות ההשמדה, אך משנת 1481 היא נפלה תחת שלטונו של הנסיכות במוסקבה, ששליטו היה אז איוון השלישי.
בשנת 1565 החליט איוון האיום להקים את ביתו השני באופריצ'נינה בוולוגדה. הוא רצה לבנות כאן קרמלין ומבצר. אלפי בעלי מלאכה ואיכרים הועברו לוולוגדה, ובראשה הבנייה עמד המהנדס האנגלי ה 'לוק. בתוכנית, הקרמלין היה מלבן. בצד הצפוני הוא היה מוגן על ידי נהר וולוגדה, ומשני צידיו נחפר חפיר עם מים. אך פשיטת החאן הקרים בשנת 1571 והמכה שהחלה בוולוגדה אילצו את איוון הרביעי לחזור למוסקבה. עם עזיבת המלך, הבנייה נפסקה.
בשל היעדר ביצורים רציניים, וולוגדה סבלה מאוד מהפלישה לצבא הפולני-ליטאי בשנת 1612. אך העיר נבנתה במהירות ואף חרגה מגודלה הקודם. בסוף המאה ה -17, המרכז ההיסטורי של וולוגדה כלל ארבעה חלקים: עיר, וכרני פוסאד, ניז'ני פוסאד וזארצ'יה. אולם בתחילת המאה ה -18 מצבה הכלכלי של וולוגה נחלש במקצת עקב הקמת סנט פטרסבורג והתפתחות המסחר בים הבלטי.
בשנת 1708 שולבה וולוגדה באזור ארכנגלסק. אך כבר בשנת 1719 הפכה העיר למרכז מחוז וולוגדה, ובשנת 1796 - מרכז מחוז וולוגדה, שהיה קיים עד 1929.
במאה ה -19 הפכה העיר למקום של גלות פוליטית עבור רבים מבני האינטליגנציה. בשנת 1918 מילאה וולוגדה את תפקיד "הבירה הדיפלומטית" של רוסיה במשך 5 חודשים. לאחר כריתת חוזה השלום של ברסט עברו לשגרירות ולמשימות של 11 מדינות גדולות לכאן באופן זמני, בפרט: ארה"ב, בריטניה, צרפת, יפן, סין, ברזיל וכו '.
עכשיו וולוגדה היא מרכז תיירות פופולרי שמבקרים בו גם רוסים וגם תיירים זרים.
