נהרות מולדובה יוצרים רשת צפופה ומסועפת למדי. כל נהרות המדינה נושאים את מימיהם לחופי הים השחור.
נהר טורונצ'וק
טורונצ'יק היא אחת מזרועותיו של הדנייסטר. מבחינה גיאוגרפית, הנהר ממוקם בשטחה של מולדובה ואוקראינה. רוחב התעלה המרבי הוא שלושים מטרים עם עומק של שישה מטרים.
הנהר נוצר כענף בין השנים 1780-1785. הסניף מתחיל ליד הכפר צ'וברוצ'י (146 ק"מ מהדנייסטר). טורונצ'יק חוזר לדנייסטר ה"הורית "שליד העיירה בליייבקה (20 ק"מ מהזרם).
Turunchuk הוא אחד המקומות לתחרויות דייגים.
נהר פרוט
ערוץ הנהר עובר בשטח של שלוש מדינות - אוקראינה, מולדובה ורומניה. זהו יובל שמאל של הדנובה, באורך כולל של 953 קילומטרים. מקור הנהר הוא הקרפטים המזרחיים (אזור איבנו-פרנקיבסק).
הפרוט הוא הנהר השני באורכו במדינה. בשטחו העליון, הפרוט הוא נהר הררי טיפוסי, ורק כאשר הוא נכנס לשטחה של מולדובה, הפרוט נרגע והופך לנהר שטוח קלאסי בעל עמק רחב וגדות נמוכות. אפיק הנהר של הפרוט מפותל למדי ופה ושם מתפרק לשרוולים. החלק התחתון של מישור ההצפות של הנהר הוא ביצי מאוד.
נהר רעות
רעות היא אחד הנהרות של מולדובה, שהיא יובלה הנכון של הדנייסטר. אורכו הכולל של הזרם הוא 286 קילומטרים. מקור הנהר נמצא ליד הכפר רד-מארה (אזור דונדיושאן). בתחילה יש לזרם כיוון דרום מזרח, לאחר שני שינויי כיוון, רעות זורמת למימי הדנייסטר (הכפר אוסטיה).
באזור פלורשטאמי וקזנשטאמי עובר הנחל דרך ערוצים צרים ועמוקים שנוצרו בסלעי גיר. מי הנהר מזוהמים מאוד, ולכן הם משמשים רק להשקיה.
נהר אלקליה
נהר קטן באורך - 67 קילומטרים בלבד - עובר בשטח אוקראינה ומולדובה. המפגש הוא אגם בורנס. עמק הנהר נחתך בכבדות על ידי ערוצים ונקיקים טבעיים. הערוץ, ברוחבו עד שמונה מטרים, מתפתל בינוני. מי הנהר משמשים להשקיה.
מקור הנהר הוא אחת הבריכות במולדובה. הערוץ עובר גיאוגרפית בשטח של שני מחוזות - טטרבונארנסקי ובלגורוד -דנסטרובסקי (אזור אודסה).
חיידר נהר
האג'ידר משתייך טריטוריאלית לשתי מדינות - אוקראינה ומולדובה. אורכו הכולל של הערוץ הוא 94 קילומטרים. מקור הנהר הוא ברמת פודולסק (ליד העיר סטפן וודה). אחר כך הוא עובר בארצותיהם של שלושה מחוזות: בלגורוד-דנסטרובסקי; סראטוב; טטרבוננסקי.
מקום המפגש הוא מימי אגם האג'ידר. הנהר עצמו מקבל את מימי חמישים ושבעה נהרות קטנים. והגדול מכולם הוא קפלן, היוצר מאגר קטן במפגש עם חג'ידר.
