לנהרות מדגסקר יש זרימת מפלים. כל הנהרות העיקריים של האי זורמים ממזרח למערב.
נהר בטסיבוקה
ערוץ הנהר ממוקם בארצות הצפון מערביות של האי. אורכו הכולל של הזרם הוא 525 קילומטרים. וזה אחד מנהרות האי הגדולות ביותר. Betsibuka מאופיין בצבע החום-אדמדם הייחודי של מימיו. ההסבר לתופעה זו פשוט מאוד - מימי הנהר מכילים נפח גדול של משקעים שהנהר נושא לים.
מקור הנהר נמצא במרכז האי (מצפון למחוז אנטננריבו). מקור הנהר במפגש של שני נהרות - אמפריביה ודזבו. לאחר מכן, בטסיבוקא יוצא לכיוון צפון, כשהוא לוקח את מי נהר האיקופה (ליד העיר מאבטנאנה). Betsibuca זורם למימי מפרץ Bumbetuca (מיצר מוזמביק), ויוצרים דלתא כאשר הוא נופל. ערוץ הנהר ניווט 130 קילומטרים למעלה ממקום המפגש.
הגוון החום-אדמדם של המים בנהר הוא סימן לאסון אקולוגי. כריתת יערות פני האי האיצה את תהליך שחיקת הקרקע. כתוצאה מכך, כמות הקרקע הכוללת שנשטפת במים היא עצומה להפליא. ומכיוון שמדובר ברובם בקרקע אדומה לטרית, ומכאן צל המים.
משקעים שנושא הנהר במימיו מתיישבים בתחתית שפך בציבוק. וזו אחת הסיבות להיחנקות קרקעית מפרץ באמבטוקה. מסיבה זו הועבר נמל העיר מהאג'אנגה, הממוקם כאן, לחוף החיצוני של האי, שכן קיים איום על נחיתה של ספינות היוצאות לאוקיינוס.
נהר מנגוקי
הנהר עובר באדמות החלק הדרום מערבי של האי. אורכו הכולל של זרם המנגוקי הוא 564 קילומטרים. וזה הנהר הארוך ביותר במדגסקר.
המקור נמצא במחוז פיאנאראנצואה (מורדות הרכס המרכזי). הנהר אז זורם מערבה, עובר בארצות מחוז טוליארה. מקום המפגש הוא מימי מיצר מוזמביק (ליד העיר מורומבה). כאשר הוא זורם לתוכו, הוא יוצר דלתא גדולה.
ערוץ מנגוקי עובר בשטח קשה. החלק הדרומי של הדלתא עשיר באיי מחסום, לירות וירוק סחף. החלק הצפוני של הדלתא מציע ביצות ומנגרובים רבים.
נהר מנינגורי
נהר מנינגורי ממוקם בחלק המזרחי של מדגסקר ואורכו הכולל הוא 260 קילומטרים. מקור הנהר באגם אלוטרה. השטח הכולל של אגן הנהר הוא 12,645 קמ ר. הנהר מאופיין בזרם סוער. מקום המפגש הוא מימי האוקיינוס ההודי (ליד העיר אמפסינה).
