תיאור האטרקציה
המנזר נוסד על ידי דונה מורה דיאס בשנת 1280 עבור נזירות קלריסיאניות. המנזר לא נמשך זמן רב, ובשנת 1311 הוא חדל להתקיים. בשנת 1316, אשתו של המלך דיניס הראשון, מלכת איזבלה מפורטוגל, בנתה מחדש את המנזר.
מלכת איזבלה מפורטוגל נקראה גם "מלכת הקודש" בגלל אדיקותה והצדקנות יוצאת הדופן. המלכה הייתה מפורסמת גם באופייה האדיב, הקימה בתי חולים, בתי יתומים ובתי ספר. לאחר מות בעלה, המלך דיניש, פרשה למנזר זה. ובשנת 1336 מתה המלכה ונקברה במנזר בקבר מעוטר בסגנון גותי. בשנת 1626 הוכתרה המלכה איזבלה על שם רחמיה ומעשיה הטובים.
האדריכל הראשון של המנזר היה דומינגוס דומינגז, המפורסם בעבודותיו על הגלריות של מנזר אלקובאס. הוא המשיך את עבודתו של האדריכל הזה אסטבאו דומינגז, שהתפרסם בזכות עבודותיו בגלריות הקתדרלה בליסבון. בשנת 1330 התקיימה חנוכת המקדש, וקצת מאוחר יותר נוסף מנזר לחלקו הדרומי של הכנסייה. תרומות כספיות ומתנות הוצגו לעתים קרובות למנזר. בתחילת המאה ה -16 עוצבה הכנסייה באריחי סביליה והותקנו מזבחות חדשות.
מאחר והמנזר והכנסייה נבנו על הגדה השמאלית של נהר מונדגו, שנה לאחר מכן הוצפו הבניינים במי הנהר הצופים. ובמשך כמה מאות שנים, המנזר הוצף פעמים רבות. בשל שיטפונות תכופים, אי אפשר היה להישאר במנזר, והמלך ג'ון הרביעי הורה לעזוב את הבניין ולעבור למנזר חדש-מנזר סנטה קלרה-א-נובה, הבנוי על גבעה לא הרחק מהבניין הישן.. הקבר המכיל את אפר המלכה איזבלה ודמויות מלכותיות אחרות הועבר לבניין חדש.
עם הזמן הפך המנזר הישן להריסות. בשנת 1910, הבניין נכלל ברשימת האנדרטאות בעלות חשיבות לאומית, ועבודות שחזור מסוימות בוצעו במחצית הראשונה של המאה ה -20.
