נהרות טג'יקיסטן זורמים במלואם ושייכים בעיקר לאגן ים אראל. ורק מעטים זורמים למימי אגם קראקול או נהר הטרימה.
נהר אמו דריה
הערוץ של אמו דריה עובר בשטח של ארבע מדינות בבת אחת - אפגניסטן, טג'יקיסטן, אוזבקיסטן וטורקמניסטן. אורכו הכולל של הערוץ הוא 2,400 קילומטרים. מתוכם 1,415 קילומטרים עוברים במדינה. מקורו של אמו דריה נוצר על ידי מפגש של שני נהרות - וקש ופיאנג '. שפך הנהר הוא מימי ים אראל (במפגש הוא יוצר דלתא גדולה).
יש מעט יובלים ליד הנהר. בממוצע, Amu Darya מקבל את מימי Kiririgan, Surkhandarya ו Sherebad, כמו גם יובל אחד שמאל - נהר Kunduz. ובהמשך, עד למקום המפגש, אין עוד יובלים. מי הנהר משמשים באופן פעיל, ולכן אמו דריה אינו מגיע לים אראל. זו בדיוק הסיבה שהפכה לאחת הסיבות לייבושו.
במימי אמו דריה, ישנם לא מעט זנים שונים של דגים: אספ; אדם קירח; שפמנון אראל; אַבְרוֹמָה; צברנית; קרפיון כסף; אמור לבן; שִׂנאָה.
נהר וונג '
אחד הנהרות, שערו ממוקם אך ורק בשטח טג'יקיסטן. זהו יובל ימינה של נהר פיאנג '. אורכו הכולל של הנהר הוא 103 קילומטרים. המקור נוצר על ידי התכנסות של שני נהרות - האחד יורד מקרחוני רכס ואנץ ', השני מרכס האקדמיה למדעים (מדרון מערבי). הערוץ עובר בין רכסי ואנץ 'לדארבז.
נהר קשקדריה
מבחינה טריטוריאלית עובר הנהר דרך אדמות טג'יקיסטן (אזור סוד) ו אוזבקיסטן (אזור קשקדריה). באופן מקובל, לנהר יש שלושה שמות: בגבהים העליונים - אוביכונדה; המנה הבינונית - Shinachasai; תחתון - Maimanakadarya.
אורכו הכולל של הערוץ הוא 378 קילומטרים. מקור הנהר בגובה 2960 מטרים מעל פני הים והוא נוצר על ידי שני נהרות ללא שם. יובלים עיקריים: אקדריה (אקסו); Tanhidizadarya; גוזרדריה.
נהר מוקסו
אורכו הכולל של הערוץ הוא 88 קילומטרים. מוקסו ממוקם באזור ג'ורג'טל בטג'יקיסטן. המקור הוא מפגש שני נהרות: סלדרה וסוקסוי (קרחוני פדצ'נקו ובולשוי סוקדר).
נהר קוזילסו
קיזילסו, שפירושו "נהר אדום", זורם בשטח קירגיזסטן וטג'יקיסטן. המקור הוא מורדות טווח הטראנס-עלאי. אורכו הכולל של הערוץ הוא 235 קילומטרים. במפגש עם נהר המוקסו הוא מוליד את נהר ואקש.
נהר וואקש
אורכו הכולל של תעלת הנהר הוא 786 קילומטרים, וכולם עוברים בשטחה של טג'יקיסטן. מקור הנהר הוא על מורדות הפמיר, אך מקום התכנסותו עם מי נהר פיאנג 'מוליד את אמו דריה הגדול. הנהר הוא המקור העיקרי להשקיה כמו גם לייצור חשמל.
